Достоверно причины возникновения воспалительных заболеваний кишечника не обнаружено, но известно, что в патологический процесс вовлечены агрессивные реакции микробиома кишечника при вирусной или бактериальной инфекции. Высвобождение факторов воспаления (интерлейкины и др.) В ходе иммунного ответа, может запустить глобальную воспалительную реакцию в отделах кишечника. Среди наиболее опасных последствий язвенного колита специалисты выделяют дегенерацию слизистой оболочки кишечника и повышенный риск возникновения рака толстой кишки. Отсутствие лечения болезни Крона может стать причиной образования свищей, гнойников и сужение просвета кишечника.