Достовірно причини виникнення запальних захворювань кишечника не виявлено, але відомо, що в патологічний процес залучені агресивні реакції мікробіома кишечника при вірусній або бактеріологічній інфекції. Вивільнення факторів запалення (інтерлейкіни і ін.) в ході імунної відповіді, може запустити глобальну запальну реакцію у відділах кишечника. Серед найбільш небезпечних наслідків виразкового коліту фахівці виділяють дегенерацію слизової оболонки кишечника і підвищений ризик виникнення раку товстої кишки. Відсутність лікування хвороби Крона може стати причиною утворення свищів, гнійників і звуження просвіту кишечника.